Před dvěma lety se domníval, že své minulosti utekl. Nyní ho minulost opět dohání. Bourne a Marie (Franka Potente) dál žijí v anonymitě. Bournea ženou noční můry a vzpomínky. Vláčí Marii z města do města. Snaží se být vždy aspoň krok před hrozbou, kterou tuší v každém pohledu i v každém telefonním "omylu", před nebezpečím, které očekává v každé vteřině. Ale ohrožení jej do světa, z něhož chtěl uniknout, neustále vrací.